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高技术企业的组织管理模式融汇了现代各种组织理论，如组织理论与自组织理论、权变理论、系统论、组织学习理论等，均在高技术企业得到了良好的体现。
1)组织资源信息化、知识化。
继资金、技术、人力资源之后，信息已经成为当代企业组织的第四个资源。在高新技术企业里，技术、人力资源都已经成为信息的载体，人成了制造、使用、储存、传递知识的中心，而网络则成为物化智力，并成为进一步推进信息、知识传递和制造过程的媒介，智力资本、知识资本空前重要，人力资本和知识资本的存量及其增长已成为衡量高新技术企业组织创造能力和组织活性的重要指标。知识资产占企业总资产的比重越来越大，无形资产的管理即对知识资产的管理以及对知识、信息的管理日益受到重视。高技术企业大多重视人本管理，并有向“人能”管理方向发展的趋势，力求以人为中心、以人的创造能力为中心和以知识和信息的作用发挥为中心配置资源。
2)组织柔性化、边界模糊化。
一方面，现代通信技术正在改变着人们的时空观，企业组织边界对人的约束力逐渐变弱，人们大量在不同组织间穿梭往来，变换角色，知识工作者可以同时为多个企业服务，网络企业的存在则是现代企业组织进一步柔性化、虚拟化的结果，它也是知识智力与技术综合作用的结果。
大多高技术企业，为了完成某一项任务大量采用工作团队和项目组织，R&D工作需要多职能的综合与协同。在不少高新技术企业里，R&D部门与市场部门已经密不可分，技术人员广泛参与了产品的营销过程，而营销人员也广泛加入到R&D工作中来，甚至有一些企业把二者合而为一。为了防止组织僵化、官僚化，以加强组织协同与激活组织的创造能量，苹果公司从1985年开始已经有三次重组，而且每次调整的幅度都很大，包括某些部门或者职能的分解及合并。
组织柔性化，有助于跨部门的工作协调与知识和信息共享机制的形成，从而有利于跨学科领域、技术门类创新工作的完成以及服务能力的及时调整，同时也是以此为手段实现组织柔性化的。当代企业，生产的敏捷性已经受到需求多样化、个性化的影响，已经向大规模定制方向发展，企业能力的柔性使与之相适应的组织体也变得具有韧性。如应用软件功能的多样化、个性，零部件的可替代性等，而且低成本满足客户个性化需求日益受到企业重视，这对组织体的响应速度与运作效率有更高的要求，组织的灵活性要求大大增强。知识产品易于实现个性化，知识型企业的柔性大大高于传统企业，高技术武装起来的信息化程度高的企业才可能具有如此大的柔性。
3)团队组织的管理自组织化。
高技术企业中存在大量知识工作者，知识工作者一般具有强烈的自主倾向，壁垒森严的传统管理模式明显不适合这样的管理对象。高技术企业理所当然存在组织过程，即管理者针对特定目标，通过一些特殊手段对企业资源进行配置，旨在维护企业的完整性和统一性的过程。高技术企业的自组织活动是指企业的员工依据自身的特点和偏好，依托个人的、群体的默会性知识针对具体作业，在没有外界的特定干预下，对企业资源的运用过程。
自组织的过程，基本上是知识在组织中传递的过程，而且是大量默会性知识在组织成员间传递的过程。由于组织体成员交流频率很高，而且成员的自主性与个性化特征较为突出，因而无论从维护组织的凝聚力角度讲，还是从维护个体或自组织体创造性活动讲，组织体扁平化是必然要求和必然趋势。组织过程增多，企业庞大，必然要求组织行为规范化，为了维护管理效率，因而导致组织层级的增加，业务完成需要接触更多的人与进入更多的相关部门，从而沟通效率降低，组织官僚化，跨越组织体（部门）进入另一个组织体（部门）获取所需知识与信息的难度增加，这必将遏制创造的效率乃至扼杀创新行动。
高技术企业中，组织与自组织活动是相互矛盾相互统一的，组织是从上到下的较宏观的过程，不过分涉及细节，自组织则是从下往上的过程。在维护企业目标的完整性和统一性的前提下，一个部门或小组大量时间处于自组织状态，组织过程与自组织过程的统一，这真正体现了“管理就是为了不管理”的辩证思想，组织过程有助于企业的稳定发展，自组织过程有利于企业创新活动的开展。
4)组织的学习经常化。
组织作为一个能够敏捷应对外界环境变化的生态型统一体，自身要有不断学习进化的能力，对高新技术企业尤其如此。组织学习能力的强弱，反映了组织适应外界环境，对外界环境变化快速做出响应的能力，同时也是组织充分利用内部信息和智力资产与外部信息交互作用进行创造能力大小的体现，多个部门或小组创造能力的有机融合与集成，达到一定量的规模和质的水平之后便可以构成企业的核心能力。
组织内成员的知识化水平很高，学习能力强，因而相互交流学习的效率很高，由于知识生产的边际递增效应，还可以加速组织的进化与自组织水平。高技术企业比传统企业有更多的研讨式交流，而且存在大量谈天式的非正式交流方式，更多地借助网络与邮件，交流的对象涉及整个团队乃至组织外。由于外部学习的必要，有些企业有意识地给成员预留了在外部环境中学习和交流乃至进行合作的自由和时间，这在美国的高技术企业里并不鲜见，而且有的还有资金支持职务外的兴趣开发活动。
5)工作创业化。
国内外的高新技术企业均广泛采用项目管理和事业部制，这两种模式中的团队均有很大的自主权。这类企业里，项目组一般规模不大易于沟通协调，同时项目组大多是非强制性组合，组织匀质程度较高，即成员大多素质相似，因而团队成员对实现的目标易于有强烈的认同感，我们钟爱自己的事业，因而具有强烈的进取心，培育了较强的风险意识、创业精神，这也是高新技术企业普遍强调的观念。
项目成员会把项目当作自己的事业来运作，因而工作交流效率高，为了增强创新成就感，一些企业采用了内企业家培育模式管理项目，即让R&D部门的项目组对创新成果如产品进行全过程管理，包括市场推广，甚至有的项目还培育成了全新的子公司，从而造就了具有复合能力的经营管理人才
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